При частоте рецидивов около 20% вероятность повторного возникновения шоколадных кист все еще относительно высока. Если пациенту с шоколадной кистой не обеспечить тщательное вмешательство и уход после операции, высока вероятность рецидива. Причиной заболевания шоколадной кисты является наличие активных клеток эндометрия в яичниках, а после операции трудно удалить весь активный эндометрий, поэтому существует вероятность рецидива. Самое главное, что необходимо сделать после операции, — это тщательно ухаживать за пациентом, чтобы предотвратить инфекцию, и не возобновлять половую жизнь слишком рано после операции. После операции в течение 3-6 месяцев следует принимать такие препараты, как лейпролид или дафиллин, которые вводятся подкожно в первый день менструации один раз в месяц. Профилактика ограничена из-за неясной этиологии эндометриоза, но очень важно предотвратить менструальный рефлюкс и избежать многочисленных хирургических операций на матке.