Эндометриоз включает шоколадные кисты яичников. Шоколадные кисты являются клиническим проявлением эндометриоза, главным образом потому, что эктопические очаги находятся в яичниках, а при менструации эндометрий периодически кровоточит. Это может сопровождаться дисменореей и должно лечиться хирургическим путем. Эндометриоз также включает аденомиоз и аденомиому, которые являются специфическими проявлениями эндометриоза, а также кесарево сечение и разрезы брюшной полости, которые также могут содержать очаги эндометриоза. Эндометриоз имеет широкое определение и зависит от конкретной локализации эктопического участка перед диагностикой, например, эндометриоз раны брюшной стенки и шоколадные кисты яичников.