Лечение эндометриозных кист в яичнике включает хирургическое вмешательство и медикаментозное лечение. Хирургическое лечение в целом включает лапароскопическую операцию и открытую операцию. Открытое хирургическое лечение включает открытую дебулькацию шоколадной кисты яичника и открытую резекцию аднекса на пораженной стороне. Лапароскопическая операция включает лапароскопическое удаление шоколадной кисты яичника и лапароскопическое иссечение пораженной аднексии. Для шоколадных кист яичников обычно выбирают открытую или лапароскопическую дебулькацию шоколадных кист, если у пациентки есть требования к фертильности и она молодая женщина. Для женщин без требований к фертильности или женщин в постменопаузе может быть рассмотрена возможность иссечения пораженной аднексии.