Шоколадные кисты являются проявлением эндометриоза, но эндометриоз включает не только шоколадные кисты. Эндометриоз может возникать не только в матке, но и в других областях, чаще всего в двусторонних яичниках, что может привести к появлению шоколадных кист, а также может возникать в брюшной полости, брюшном разрезе, влагалище и шейке матки. Типичными признаками эндометриоза являются болезненные менструации и аномальные вагинальные кровотечения. Эндометриоз, как правило, влияет на менструации, а также может повлиять на беременность. Пациентки с диагнозом эндометриоза нуждаются в агрессивном лечении, и наиболее распространенным методом лечения шоколадных кист является хирургическое вмешательство, за которым следует медикаментозный контроль менструаций во избежание рецидива поражения.