Шоколадные кисты чреваты бесплодием после приема лекарств или хирургического вмешательства. Если бесплодие наступило, основное лечение заключается в устранении причины. В случаях, когда фаллопиевы трубы недоступны, для разблокирования фаллопиевых труб можно использовать медикаменты или хирургическое вмешательство, поскольку в большинстве случаев недоступность фаллопиевых труб вызвана воспалением. Противовоспалительные препараты или китайские травяные лекарства можно давать перорально, например, гранулы Vajra Vine и капсулы Kun Fu Kang. Если лечение направлено на стимулирование овуляции при нарушении овуляции, можно принимать капсулы кломифена или таблетки летрозола перорально. Если эффект от медикаментозного или хирургического лечения не очень хороший, можно также провести вспомогательные репродуктивные технологии, чтобы помочь женщине зачать ребенка как можно скорее.