Существуют определенные различия между эндометриозом и шоколадными кистами, основные различия следующие: во-первых, эндометриоз относится к эндометриальной ткани, которая появляется вне полости матки и является реакцией поражения; шоколадные кисты относятся к эндометрию, появляющемуся на яичниках и образующему кисты, эти два заболевания возникают в разных местах. Во-вторых, шоколадные кисты являются симптомом эндометриоза. Хотя оба заболевания вызывают менструальную боль, локализация боли различна: эндометриоз располагается в полости малого таза и при половом акте вызывает значительную болевую реакцию; у пациенток с шоколадными кистами болевая реакция при половом акте менее выражена. В-третьих, методы лечения этих двух заболеваний различны, и место действия препаратов также отличается, поэтому для определения правильного лечения необходимо своевременное обследование.