В процессе медикаментозного лечения побочные эффекты — это проблема, которую нельзя игнорировать, но и проблема, которая особенно волнует родителей. Препараты первой линии для лечения СДВГ, такие как метилфенидат и томоксетин, имеют побочные эффекты, которые не являются значительными, при этом существуют индивидуальные различия: у некоторых детей в начальный период приема возникают некоторые побочные реакции, которые в целом не являются серьезными, а у некоторых — нет. Общими побочными эффектами являются в основном желудочно-кишечные реакции, такие как тошнота, боли в животе, потеря аппетита. Длительное применение терапевтических доз препарата не влияет на рост и развитие ребенка и его интеллект, не требуется пересмотра функции печени в период приема препарата.