Минимально инвазивная лапароскопическая операция по поводу шоколадных кист проводится под общей анестезией. Делается перфорация в периамбиликальной области живота, включая 1/3 передней верхней подвздошной ости и 2/3 передней верхней подвздошной ости. После перфорации микроскопические инструменты вводятся в полость таза с помощью разделительных щипцов примерно на 3-4 мм. Киста будет обнаружена и удалена. После удаления из раны кисты будет небольшое кровотечение, которое можно остановить с помощью биполярного коагуляционного пинцета или наложения швов для остановки кровотечения, и нормальная ткань яичника может быть восстановлена. После удаления кисты яичника из брюшной полости с помощью мешка для образцов проводится патологическое исследование.