Прогноз энтероколита зависит от его причины. Некоторые случаи энтерита могут выздороветь без лекарств, например, энтерит, вызванный вирусными инфекциями. У некоторых людей, перенесших простуду, могут появиться боли в животе и диарея, и эти симптомы часто связаны с вирусом простуды, который может излечиться сам по себе при условии отдыха и временного голодания. Большинство причин энтерита связано с бактериальными инфекциями, микобактериальными инфекциями и аутоиммунитетом, они имеют более длительное течение, относительно плохой прогноз и трудно поддаются самостоятельному лечению без лекарств. Энтерит, вызванный бактериальными инфекциями, требует быстрого введения противоинфекционных препаратов. При микобактериальных инфекциях требуется противогрибковое лечение. Аутоиммунные нарушения, вызванные энтеритом, требуют применения гормональных иммунодепрессантов и других препаратов, некоторые редкие виды туберкулеза, вызванные энтеритом, нуждаются в противотуберкулезном лечении. Различные виды энтерита, вызванные разными причинами, требуют различных лечебных мер. При возникновении энтерита рекомендуется активно обращаться в обычную больницу для дальнейшего обследования с целью выяснения причины, после чего принимаются соответствующие меры лечения.