В результате шунта слева направо кровь, которая должна снабжать все тело, отводится от перегородки посередине, уменьшая кровоток, снабжающий все тело. Из-за компенсаторного механизма организма сердце вынуждено работать быстрее, чтобы адаптироваться к потребностям организма. Если дефект перегородки большой, поток в шунте высокий и легочный кровоток высокий, это часто приводит к легочной инфекции, формированию пневмонии и сердечной недостаточности, часто требующей инъекций или госпитализации; в менее тяжелых случаях возможность операции теряется из-за слишком высокого легочного кровотока, а шок от перегрузки кровотока в течение многих лет приводит к формированию резистентной легочной гипертензии, известной как синдром Эйзенменгера.