ВИЧ относится к группе вирусов иммунодефицита человека в роде Lentivirus в семействе Retroviridae в классификации вирусов. Существует 4 причины высокой генетической изменчивости, а именно 1. высокая частота ошибок фермента обратной транскриптазы, который не вырезает неправильно введенные нуклеотиды вовремя репликации, приводит к тому, что примерно в каждом цикле репликации происходит одна ошибка, вызывающая случайные мутации во время вирусной репликации. 2, быстрая репликация вируса, примерно один ВИЧ-инфицированный человек в день производит и выводит 10 миллиардов вирусных частиц. 3, иммунный отбор хозяина, под действием иммунного давления хозяина, так что геном, который может стимулировать клеточный или гуморальный иммунитет хозяина выше, чем другие части вариации, такие как gp120 V3 кольцо высокой вариации области. 4. генетическая рекомбинация между ДНК различных вирусных штаммов. Геном ВИЧ имеет длину около 9,8 кб и содержит 3 структурных гена — gag, pol и env, 2 регуляторных гена (tat trans activator, rev virulence particle protein expression regulator) и 4 вспомогательных гена (nef negative regulator, vpr viral r protein, vpu viral u protein и vif virulence particle infectivity factor). ВИЧ является высоко вариабельным вирусом, с различной степенью вариабельности в каждом гене и наибольшей степенью вариабельности в гене env. ВИЧ, распространенный в мире на сегодняшний день, можно разделить на два типа — ВИЧ-1 и ВИЧ-2 — на основании серологической реакции и определения последовательности нуклеиновых кислот вируса. Между ВИЧ-1 и ВИЧ-2 только 40-60% нуклеотидных последовательностей гомологичны. В ВИЧ-1 генетическая дивергенция между подтипами составляет 20%-35%, а в пределах одного подтипа генетическая дивергенция составляет 7%-20%. В настоящее время ВИЧ-1 распространен во всем мире. На основании гомологии последовательностей гена env, который кодирует белок оболочки, и гена gag, который кодирует капсидный белок, ВИЧ-1 подразделяется на три группы: M (основная), O (контурная) и N (новая, или не-M, не-O), из которых M на сегодняшний день является наиболее распространенным вирусом. Существует 11 подтипов: A, B, C, D, E, F, G, H, I, J и K. Группа О была выделена из Камеруна и Габона в 1990 году и имеет только 50% гомологию аминокислотной последовательности с другими подтипами группы М. Группа N была выделена совсем недавно от двух пациентов из Камеруна и является новой группой вирусов на филогенетическом древе, которая не принадлежит ни к группе М, ни к группе О, отсюда и название группа N. ВИЧ-2 биологически очень похож на ВИЧ-1, но он менее заразен и вызывает более медленное клиническое развитие СПИДа и более мягкие симптомы. В Китае преобладающим штаммом является ВИЧ-1, существует 8 подтипов ВИЧ-2, включая A, B (европейский и американский B), B’ (тайский B), C, D, E, F и G. Существуют также различные эпидемические рекомбинантные типы. Однако до сих пор не сообщалось о типах O и N. Раннее выявление и идентификация подтипов ВИЧ важны для эпидемиологического расследования, своевременной диагностики, разработки новых диагностических реагентов, разработки новых лекарств и вакцин.