1. лейкоз в полной ремиссии; 2. апластическая анемия с полностью совместимым донором; если гемифазная традиционная терапия неэффективна и зависит от переливания крови; 3. лимфома III-IV стадии; 4. рецидивирующий рефрактерный лейкоз; 5. миелодиспластический синдром. Трансплантация не требуется при остром лимфоидном лейкозе у детей с низким или средним риском, но трансплантация более эффективна, чем химиотерапия у пациентов с высоким риском или рецидивами рефрактерных типов.