Сирингомиелия обычно протекает бессимптомно, поэтому большинство пациентов обращаются в клинику с припухлостью в мошонке, обнаруженной во время физического осмотра или купания. Только при наличии необычно большого количества жидкости в полости сфинктера возникает легкая тянущая боль и ощущение движения вниз. Если шишка, образованная сфинктером, очень велика, она имеет тенденцию к инвагинации полового члена, что мешает мочеиспусканию и сексуальной жизни. Кроме того, шишка, образованная сирингомиелией, обычно существенно не изменяется в размерах. В случае вторичной сирингомиелии могут также наблюдаться проявления соответствующих первичных заболеваний, таких как воспаление, опухоли и травмы, которые могут привести к сирингомиелии.