Если туберкулез не контролируется активно и эффективно, микобактерия туберкулеза может распространиться во все органы организма тремя путями: по кровотоку, лимфатическим путям и прямым распространением, что приводит к системному туберкулезу, который в это время является очень серьезным. Например, распространение на плевру может привести к туберкулезному плевральному выпоту, и у некоторых пациентов в результате развивается инкапсулированный плевральный выпот или плевральная гипертрофия или спайки. Туберкулез распространяется на кости, такие как длинные кости конечностей и позвоночник, и у некоторых пациентов в результате развиваются переломы или параплегия. Распространение на печень, почки, селезенку и репродуктивные органы может повлиять на функцию соответствующих органов. При распространении туберкулезных палочек на головной мозг и менинги формируется туберкулезный менингит. Этот вид туберкулеза имеет самый плохой прогноз и самый плохой эффект от лечения и часто может привести к инвалидности.