Побочные реакции на противотуберкулезные препараты варьируются в зависимости от препарата выбора. Наиболее распространенными побочными реакциями, встречающимися в клинической практике, являются нарушение функции печени пациента, вызывающее повышение уровня глутамат-аминотрансферазы, что может вызвать желудочно-кишечный дискомфорт, тошноту, рвоту, диарею и т.д. Другие препараты также могут вызывать лекарственную сыпь и аллергические реакции. Противотуберкулезные препараты можно разделить на противотуберкулезные препараты первого ряда и противотуберкулезные препараты второго ряда. Как правило, препараты первого ряда хуже переносятся и имеют меньше побочных реакций, а препараты второго ряда имеют больше побочных эффектов, чем препараты второго ряда. Противотуберкулезное лечение требует комбинации препаратов для предотвращения лекарственной устойчивости, и побочные эффекты варьируются в зависимости от выбранного препарата. Изониазид может вызвать периферическую нейропатию, токсичность центральной нервной системы и поражение печени, рифампин — желудочно-кишечный дискомфорт и поражение печени, этамбутол — ретробульбарный неврит зрительного нерва и аллергические реакции, а пиразинамид — боли в животе, диарею и лекарственное поражение печени.