После регулярного лечения большинство детей с вирусным менингоэнцефалитом выздоравливают, но у некоторых из них могут наблюдаться различные степени последствий. Последствия вирусного менингоэнцефалита включают: 1) двигательную отсталость, некоторые вирусные менингоэнцефалиты поддаются лечению, и вирусная инфекция контролируется, но происходит повреждение клеток мозга, повреждаются двигательные или когнитивно-сенсорные области коры головного мозга. Интеллект ребенка будет затронут в той или иной степени: замедленные реакции, бомбардировка, неотзывчивость или замедленная реакция на внешние звуки, когнитивные нарушения, трудности в обучении или потеря способности к обучению; 3. Аномальный разряд нейронов в коре головного мозга, т.е. эпилепсия.