Смертность при отказе органов высокая, а выздоровление зависит от тяжести основного заболевания, своевременности лечения, срочности заболевания и реакции пациента на медикаменты и требует специфического лечения. В целом, при острой органной недостаточности большинство пациентов могут выздороветь, если они получают раннее противоинфекционное лечение, поддерживают проходимость дыхательных путей, сохраняют эффективный объем циркулирующей крови, избегают препаратов, повреждающих почки, и активно лечат основное заболевание, не затягивая с наступлением оптимального времени для лечения и при хорошем ответе на лечение. В случае хронической органной недостаточности лучшее время для лечения упущено, и обычно возможно только симптоматическое лечение, что затрудняет излечение, и на более поздней стадии может потребоваться поддерживающая терапия органов. Поэтому органная недостаточность должна активно наблюдаться в таких отделениях, как отделения внутренних болезней и инфекции, и может даже потребовать совместной мультидисциплинарной консультации.