Шоколадные кисты являются одной из форм эндометриоза и лечатся клинически в подавляющем большинстве случаев хирургическим путем, с относительно высоким процентом рецидивов после операции. Подавляющее большинство послеоперационных шоколадных кист лечат дафиллином в течение трех или шести месяцев, в основном для предотвращения рецидивов. Несмотря на это, клинически рецидивы все же встречаются, причем в подавляющем большинстве случаев они возникают примерно через год после прекращения приема препарата, поэтому рекомендуется проводить регулярные обследования. Также рекомендуется, что в случае шоколадных кист можно избежать возможности рецидива, если пациентка замужем, и желательно иметь послеоперационное маннорейное кольцо. Это связано с тем, что маннорея вызывает сокращение эндометрия, в результате чего эктопическая опухоль также уменьшается.