Болезни системы крови могут вызывать тромбоцитопению, например, острый лейкоз, идиопатическая пурпура, апластическая анемия и миелодисплазия. Апластическая анемия может вызывать поражение гемопоэтических стволовых клеток, что приводит к снижению выработки тромбоцитов. Повреждения костного мозга, такие как метастатический рак, миелома, лейкемия, лимфома и миелофиброз, могут разрушать гемопоэтические стволовые клетки и приводить к снижению выработки тромбоцитов. При мегакариоцитарной анемии и железодефицитной анемии может наблюдаться увеличение количества мегакариоцитов, что приводит к снижению обновления тромбоцитов и вызывает тромбоцитопению. У пациентов с идиопатической пурпурой повышается количество эритроцитов, лейкоцитов и гемоглобина, а антиоксиданты, витамины и минералы снижают агрегацию тромбоцитов в крови. У пациентов с сепсисом мегакариоциты перестают делиться, что приводит к снижению выработки тромбоцитов. Кроме того, бактерии и токсины могут повреждать тромбоциты, что приводит к тромбоцитопении. При гепатите В и циррозе циркулирующие иммунные комплексы откладываются на поверхности гемопоэтических стволовых клеток и тромбоцитов, вызывая лизис тромбоцитов и снижение их выработки. Гиперспленизм может вызвать задержку большого количества тромбоцитов в селезенке, что приводит к разрушению тромбоцитов, а кровотечение из желудочно-кишечного тракта может вызвать повышенное потребление тромбоцитов.