Не все инфекции ВПЧ протекают бессимптомно. 80% людей инфицированы ВПЧ, у большинства людей ВПЧ-инфекция протекает транзиторно и может быть нейтрализована собственным иммунитетом, только длительная персистирующая ВПЧ-инфекция в течение более двух лет может привести к поражению. Инфекции HPV6 и HPV11 могут привести к кондиломам, инкубационный период кондиломы составляет около 3 месяцев. ВПЧ типа 16, ВПЧ типа 18 и ВПЧ типа 33 тесно связаны с раком шейки матки. Непрерывная инфекция в течение более двух лет может привести к поражению шейки матки. Около 60% CIN1 исчезнет естественным путем, около 20% CIN2 перерастет в рак in situ, а 5% CIN3 перерастет в инвазивный рак. В начале поражения шейки матки может не быть никаких симптомов или только усиленная лейкорея, но после развития инвазивного рака могут быть контактные кровотечения, кровянистые выделения или выделения, похожие на рисовую воду.