Клинически выявить туберкулез можно с помощью бронхоскопии. Особенно при очень атипичных рентгенограммах легких, КТ или МРТ, во многих случаях невозможно увидеть, что в легких есть туберкулезное поражение. Необходимо рассмотреть другие участки с туберкулезным поражением, например, слизистую оболочку бронхов. Для выявления туберкулезных поражений слизистой оболочки трахеобронхов можно провести трахеоскопию, которая может быть использована для диагностики эндобронхиального туберкулеза. Можно взять биопсию, провести патологоанатомическое исследование, выявить культуры микобактерий туберкулеза и даже провести тест на чувствительность к лекарственным препаратам. Это позволяет подтвердить диагноз, а также подобрать относительно чувствительные противотуберкулезные препараты для корректировки плана лечения.