Шоколадные кисты яичников диаметром более 3 см требуют полного хирургического удаления, чаще всего лапароскопического и консервативного, чтобы сохранить фертильность пациентки и удалить как можно больше эндометриотических кист из яичника, одновременно разделяя тазовые спайки. Процедура может проводиться с помощью лазера, электрокоагуляции и каутеризации для разрушения стенки кисты или дебридмента эндометриозной кисты. В случаях комбинированного бесплодия гистероскопия и эктазия труб могут проводиться одновременно. Дебридмент эктопической кисты яичника является процедурой выбора. Если киста большая и спайки слишком плотные, чтобы их можно было отслоить, может быть проведена частичная овариэктомия; если ткань яичника полностью разрушена эктопической эндометриальной тканью и спайки слишком сильны для частичной овариэктомии, может быть проведено удаление яичника.