В случае шоколадных кист УЗИ выявляет кисту в аднексальной области, внутри кисты может быть видна звездчатая эхогенность, в этом случае УЗИ позволяет заподозрить шоколадную кисту. Однако прежде чем поставить предварительный диагноз шоколадной кисты, необходимо провести клинический анализ истории болезни пациента. Клинический диагноз может быть подтвержден только в том случае, если после операции киста будет направлена на патологоанатомическое исследование. Подавляющее большинство пациентов с шоколадными кистами имеют в анамнезе дисменорею, и примерно у 40%-50% пациенток это часто приводит к бесплодию, поэтому диагноз шоколадной кисты должен быть поставлен в контексте клинической истории.