Клинические проявления аллергии на молочный белок затрагивают множество органов, в основном кожу, дыхательную систему и пищеварительный тракт. В зависимости от тяжести заболевания его можно классифицировать как легкое, умеренное или тяжелое. Основными кожными проявлениями атопического дерматита являются экзема, зуд, сыпь, крапивница, отек и сухость кожи и т.д. В тяжелых случаях симптомами является экссудативный или тяжелый атопический дерматит. Гастроинтестинальные проявления обычно представлены частым рефлюксом, рвотой, диареей и запорами. У некоторых детей может даже развиться острый аллергический синдром, который требует срочной госпитализации. У большинства младенцев два или более из этих симптомов проявляются одновременно, причем рвота и желудочно-кишечные симптомы появляются быстрее всего, через 1-2 часа после употребления молока, а диарея чаще всего через 2-6 часов после употребления. Частота возникновения атопического дерматита у детей в возрасте до 1 года с аллергией на молоко составляет 40-50%. Большинство детей со стойкой аллергией на молочный белок имеют семейную историю атопического заболевания и страдают непереносимостью различных продуктов питания или имеют аллергические состояния, которые могут быть изменены употреблением молочного белка. После разрешения атопического дерматита у большинства детей развивается ринит или астма.