Инфекционную диарею обычно лечат цефалоспориновыми или хинолоновыми антибиотиками, такими как цефдинир, цефменоксим или норфлоксацин, офлоксацин и так далее, которые чаще всего используются в клиническом лечении инфекционной диареи. Перед применением антибиотиков рекомендуется посетить больницу и использовать антибиотики по мере необходимости только после того, как врач проведет соответствующие анализы для уточнения диагноза, и не злоупотреблять антибиотиками самостоятельно, чтобы избежать лекарственной устойчивости. При не очень серьезной диарее обычно предпочтительнее лечение пробиотиками, а антибиотики можно сначала не применять. Если инфекция серьезная и ясно, что это бактериальная инфекция с лихорадкой, то можно выбрать лечение антибиотиками. Если диарея вызвана вирусной инфекцией, антибиотики применять нельзя, необходимо использовать противовирусные препараты.