Поскольку двусторонний негранулематозный передний увеит для этого синдрома не характерен, следует позаботиться об исключении других причин переднего увеита и других специфических типов увеита у этих пациентов, основными из которых являются ювенильный хронический артрит с увеитом, саркоидозоподобный увеит и синдром Шёгрена, а также серонегативные поражения позвоночных суставов. Ювенильная форма хронического артрита с увеитом встречается у детей и подростков, преимущественно у женщин, и также представлена двусторонним негранулематозным воспалением, которое похоже на проявления увеитного синдрома при тубулоинтерстициальном нефрите, но у первых часто имеется в анамнезе артрит (преимущественно коленных и голеностопных суставов). Часто встречаются такие осложнения, как полосчатая дегенерация роговицы, осложненная катаракта и вторичная глаукома, антинуклеарные антитела в большинстве случаев положительны, а у пациентов отсутствуют аномальные лабораторные тесты на поражение почек — все это помогает дифференцировать эти два заболевания. Саркоидоз может вызывать поражение почек и увеит, при этом часто повышается уровень иммуноглобулинов, сходный с таковым при увеитном синдроме тубулоинтерстициального нефрита. Однако увеит, вызванный саркоидозом, чаще всего является гранулематозным передним или общим увеитом, который часто вызывает увеличение илеарных лимфатических узлов и поражение легких, а также повышение уровня ангиотензин-превращающего фермента и лизоцима в сыворотке крови, что помогает в дифференциальной диагностике. Синдром Шёгрена часто проявляется в виде интерстициального нефрита, а у некоторых пациентов положительный результат на антинуклеарные антитела, ревматоидный фактор и анти-ДНК антитела, что похоже на тубулоинтерстициальный нефрит, но он обычно возникает в возрасте от 30 до 50 лет, а глазные проявления — это в основном сухость глаз, а не увеит, на основании чего дифференциальный диагноз обычно не вызывает затруднений.