Наиболее распространенными послеоперационными осложнениями являются перфорация слизистой оболочки и неполная пилоромиотомия, которые встречаются менее чем в 1% случаев. Перфорация слизистой оболочки легко обнаруживается во время процедуры и оперативно устраняется хирургом. У детей с неполной пилоромиотомией после операции сохраняется частая рвота, и им может потребоваться повторная операция для полного иссечения пилоромиотомии.