Подавляющее большинство детей с врожденным гипертрофическим пилорическим стенозом полностью выздоравливают после пилоромиотомии и возвращаются к нормальной работе желудочно-кишечного тракта. Долгосрочные исследования подтвердили, что вероятность рецидива после хирургического лечения очень мала. Если у ребенка продолжается частая рвота в течение короткого периода времени после операции, это может быть связано с незавершенностью операции, в этом случае хирург проводит консервативное лечение в течение 2-3 недель, и если симптомы не улучшаются, может потребоваться повторная операция.