Лечение энцефалита зависит от причины заболевания и обычно включает противовирусную терапию, противоинфекционную терапию и симптоматическую поддерживающую терапию.
Например, противотуберкулезные препараты используются при туберкулезном менингите, противогрибковые препараты, такие как флуконазол, применяются при романовом криптококковом менингите, а протимидазол — при церебральном цистицеркозе.