Наиболее распространенным осложнением люмбальной пункции является головная боль, которая может возникнуть после люмбальной пункции. Она возникает в течение 24 часов после люмбальной пункции и считается связанной со снижением внутричерепного давления, которое может ослабнуть после 5-8 дней покоя. Опасность люмбальной пункции может также проявляться при грыже мозга, особенно у пациентов с энцефалитом, когда существует риск грыжи мозга из-за высокого внутричерепного давления, что в тяжелых случаях может быть опасно для жизни. Риск люмбальной пункции при энцефалите также может привести к увеличению внутричерепной инфекции. Кровотечение при люмбальной пункции в основном вызвано повреждением арахноидальной мембраны или вены дурального мешка, но объем кровотечения невелик, а клинические симптомы не очевидны. Поэтому важно исключить противопоказания к люмбальной пункции при энцефалите, прежде чем делать пациенту люмбальную пункцию.