Вероятность развития последствий неонатальной гипоксически-ишемической энцефалопатии составляет около 20-30 процентов, а ее прогноз зависит от оценки по шкале Апгар и тяжести заболевания. Заболеваемость неонатальной гипоксически-ишемической энцефалопатией в Китае составляет от 3 до 6 случаев на тысячу детей, из которых 15-20% умирают в неонатальном периоде. Среди выживших около 20-30 % могут остаться с различными неврологическими последствиями, такими как нарушения двигательного или интеллектуального развития, церебральный паралич, эпилепсия и т. д. Прогноз зависит от оценки по шкале Апгар, тяжести заболевания, правильности и своевременности реанимационных мероприятий и т.д. У выживших с оценкой по шкале Апгар менее или равной 3 и сохраняющейся в течение 15 минут и более, судорогами, нарушением сознания, симптомами со стороны ствола мозга, продолжающимися более недели, и сохраняющимися отклонениями на ЭЭГ наблюдается высокий уровень смертности, а выжившие часто страдают от различных степеней последствий. После стабилизации состояния рекомендуется ранняя реабилитация.