Существует больше путей передачи микобактерий, большинство женщин не заражаются через половой контакт, в основном это эндогенная передача. Помимо влагалища, микобактерии также могут находиться во рту и кишечном тракте, и эти три части микобактерий могут заражать друг друга и вызывать инфекцию, как только для этого появятся подходящие условия. Лишь очень небольшой процент пациентов может заразиться при половом контакте, и небольшой процент может заразиться косвенно, через контакт с зараженной одеждой. Женщины с микозом влагалища нуждаются, с одной стороны, в активном лечении, а с другой — в поиске причин появления микобактерий, поскольку снижение сопротивляемости организма и повышение кислотности влагалища могут привести к возникновению микоза влагалища.