Энцефалит в основном отличают от желудочно-кишечного гриппа и обычного гастроэнтерита. Диагностировать энцефалит легче, поскольку может также возникнуть рвота, за которой могут последовать трудности с приемом пищи, плохое психическое состояние и, возможно, лихорадка. Однако при гастроинтестинальной форме рвоты часто наблюдается боль в животе или проглатывание нечистой пищи. Его также необходимо дифференцировать от заболевания, вызвавшего головную боль, например, мигрени или параназального синусита, или вазовагальной головной боли, которая может вызвать головную боль, легко диагностируемую как энцефалит. Мигрени обычно имеют хроническое начало, но туберкулезный энцефалит или криптококковый энцефалит также имеют хроническое начало, поэтому головные боли необходимо выявлять с помощью стационарной визуализации и церебральных гемограмм, которые невозможно определить при амбулаторном посещении врача.