КТ может выявить некоторые аномалии при энцефалите, но не все пациенты с энцефалитом могут быть выявлены с помощью КТ. КТ при энцефалите может выявить гипоинтенсивные очаги в одной или обеих височных и лобных долях, часто симметрично, и может сопровождаться психиатрическими симптомами, головной болью и лихорадкой. Для подтверждения диагноза энцефалита необходимо провести люмбальную пункцию и взять спинномозговую жидкость для обычных и биохимических анализов. На ранних стадиях энцефалита КТ не дает положительного результата. На средних и поздних стадиях примерно у 50% пациентов будут выявлены изменения на КТ-изображениях. МРТ головы значительно лучше, чем КТ, диагностирует энцефалит и может обнаружить нарушения в одной или обеих височных и лобных долях на ранних стадиях.