Камни, вызванные инфекциями мочевыводящих путей, клинически известны как «инфекционные камни». Его минералогическое название — «камень гуано», а его основные кристаллические компоненты — гексагидрат фосфата магния-аммония и карбонат апатита. Наиболее распространенной патогенной бактерией является Mycobacterium avium. Эта бактерия, вырабатывающая уреазу, расщепляет мочевину на аммиак и углекислый газ. После того как аммиак синтезируется в гидроксид аммония под действием воды, pH мочи значительно повышается, и когда pH достигает 7,2, аммоний соединяется с магнием и фосфатом мочи, образуя фосфат магния-аммония. Также в этой щелочной моче кальций и фосфат побуждаются к химическому синтезу в апатит и соединяются с углекислым газом из мочевины, образуя карбонат апатита. Когда эти литогенные вещества достигают перенасыщения, также быстро образуются кристаллы. В то же время аммиак, вырабатываемый бактериями, способен разрушать защитный слой глюкозаминогликана на поверхности эпителиальной слизистой, облегчая кристаллизацию фосфата аммония магния и адгезию бактерий к эпителию мочи. Следует отметить, что с точки зрения этиологии камни, вызванные этой инфекцией, отличаются от камней, осложненных инфекцией, в основном кишечной палочкой, которая, как правило, не вырабатывает ферменты детоксикации.