Аутоантитела — это иммуноглобулины, которые непосредственно нацелены на белки или клеточные компоненты, которые в норме присутствуют в организме. Рост, развитие и выживание организма поддерживаются неповрежденным механизмом аутоиммунной толерантности, когда нормальный иммунный ответ оказывает защитное оборонительное действие, то есть не реагирует на собственные ткани и компоненты. Как только целостность аутотолерантности нарушается, организм воспринимает собственные ткани и компоненты как «чужеродные», и возникает аутоиммунный ответ, вырабатывающий аутоантитела. Низкий титр аутоантител может присутствовать в нормальной крови, и болезнь не возникнет, но если титр аутоантител превышает определенный уровень, может произойти повреждение организма и возникнуть болезнь. Аутоиммунный ответ может быть запущен несколькими способами: вещества (скрытые антигены), которые обычно строго ограничены определенной частью тела (изолированы от иммунной системы), попадают в системную циркуляцию. Например, предсердная жидкость глаза, которая в норме находится только в глазу, попадает в кровоток при травме глаза, и иммунная система реагирует на нее; изменение нормального вещества организма, например, вирус, лекарство, солнечный свет или радиация изменяют структуру белка так, что он становится похожим на чужеродное вещество; иммунная система в ответ на чужеродное вещество, похожее на ее собственное, ошибочно атакует само вещество, как будто оно тоже является чужеродным. Некоторые аномалии в функционировании клеток, контролирующих выработку антител, например, раковые В-лимфоциты могут вырабатывать аномальные антитела, атакующие эритроциты.