Аутоиммунные заболевания (широко известные как ревматические заболевания): системная красная волчанка, нодозный полиартериит, дерматомиозит, ревматоидный артрит и др. У большинства таких пациентов в организме присутствуют аутоантитела, а также иммунные комплексы. Плазмообменная терапия может удалить все виды аутоантител и иммунных комплексов. Особенно на ранних стадиях заболевания, когда в организме пациента присутствует большое количество антител, но они еще не вызвали повреждения тканей и органов, обмен плазмы следует проводить как можно раньше, чтобы уменьшить повреждение тканей и органов и улучшить симптомы. Для пациентов с тяжелыми и угрожающими жизни заболеваниями, когда гормоны и иммунодепрессанты неэффективны, плазмообмен в сочетании с иммунодепрессантами (например, циклофосфамидом) может контролировать прогрессирование заболевания и улучшать симптомы. При гематологических заболеваниях: аутоиммунной гемолитической анемии, гемолитико-уремическом синдроме и т.д., плазмообмен может быть использован для быстрого удаления антиэритроцитарных антител из организма пациента; для уменьшения гемолиза; при тромботической тромбоцитопенической пурпуре плазмообмен в настоящее время является наиболее эффективным методом быстрого удаления микроскопических тромбов из организма пациента и спасения его жизни. Плазмообмен у пациентов с синдромом гипервязкости удаляет избыток белка и липидов из организма и улучшает прогноз.