Наиболее распространенными препаратами, используемыми после операции по поводу шоколадной кисты, являются GnRh-a, который вводится подкожно или внутримышечно, и деногестрел — пероральный препарат, который принимается ежемесячно и ежедневно и может вызвать небольшое вагинальное кровотечение. Для того чтобы снизить вероятность рецидива шоколадных кист после операции, крайне важно удалить очаги шоколадных кист и как можно тщательнее разделить спайки, вызванные этими очагами, чтобы послеоперационная медикаментозная терапия могла оказать более адекватное действие.