Дифференциальный диагноз хронического энтерита в основном требует дифференциации от туберкулеза кишечника, функционального энтерита, язвенного колита и дисфункции желудочно-кишечного тракта и т.д. В целом, пациентам рекомендуется пройти колоноскопию для относительно прямого и эффективного суждения и, при необходимости, патологическую биопсию, которая может уточнить соответствующий диагноз. Диагноз туберкулеза кишечника может быть дополнительно дифференцирован с помощью исследования мокроты на антацидные бациллы и анализа крови. Язвенный колит также можно лечить экспериментальными препаратами, такими как симптоматическое лечение салазосульфадиазином, если эффект очевиден, можно в основном судить о язвенном колите, есть также часть, если хронический энтерит, вызванный бактериальной дизентерией, можно лечить целевыми антибиотиками, но и лабораторная диагностика, диагностика бактериальной дизентерии. Если это невроз, как правило, идеально после соответствующего обследования, никаких очевидных органических поражений не обнаружено, прежде чем рассматривать диагноз функционального заболевания.