Необходимость госпитализации и продолжительность пребывания в стационаре зависят от тяжести состояния. Пациенты со стабильным состоянием могут лечиться медикаментами амбулаторно и не нуждаются в госпитализации. Если пациент находится в острой фазе заболевания, ему потребуется госпитализация на 1-2 недели для стабилизации состояния. В случаях кишечного кровотечения, перфорации кишечника и кишечной непроходимости может даже потребоваться хирургическое вмешательство, а пребывание в больнице может быть продлено до 3-4 недель. Лечение туберкулеза кишечника схоже с легочным туберкулезом, поскольку используются противотуберкулезные препараты, такие как изониазид и рифампицин, и лечение часто занимает 6-9 месяцев, а в некоторых случаях более 1 года. Во время противотуберкулезного лечения необходимо каждые 1-2 недели повторять обычные анализы крови, функции печени, почек и мочевой кислоты в крови для наблюдения за токсическими побочными эффектами препаратов, а также каждые 1-2 месяца повторять рентгеноскопию с бариевой мукой и колоноскопию для оценки эффективности препаратов. Ранняя диагностика и лечение туберкулеза кишечника, рациональный выбор противотуберкулезных препаратов и полный курс лечения являются ключом к прогнозу. Прогноз в целом благоприятный и не влияет на продолжительность жизни. При наличии серьезных осложнений прогноз, как правило, неблагоприятный. Поскольку туберкулез кишечника является хроническим истощающим заболеванием, в повседневной жизни основное внимание уделяется режиму питания. Пациентам рекомендуется разумное и сбалансированное распределение различных питательных веществ при каждом приеме пищи, дополнительное адекватное питание и употребление продуктов с высоким содержанием белка и клетчатки.