Физиологическая детоксикация — это процесс освобождения наркомана от физической зависимости, который обычно длится около 1-2 недель, хотя бывают и вариации. Существует три стадии детоксикации, и стадия физиологической детоксикации является самой неприятной, поскольку организм проходит через очень болезненную реакцию детоксикации для того, чтобы вывести токсины. Примерно через 1-2 недели детоксицируемый пройдет через абстиненцию и достигнет физиологической детоксикации с помощью таких методов лечения, как декремент замещения наркотиков, «замороженная индейка», градиентная детоксикация и детоксикация с помощью китайской медицины. Однако после того, как физическая детоксикация достигнута, необходимо последующее позитивное обучение, психологическое руководство, социальная помощь и поддержка, соответствующие физические упражнения, улучшенное питание, а также понимание и поддержка семьи для завершения психологического восстановления. Кроме того, во время детоксикации пациентам необходимо ускорить обмен веществ. Они могут пить больше воды и есть больше водянистых фруктов, чтобы мочиться, а моча способствует выведению токсинов из организма.