В дыхательных путях присутствуют некоторые бактерии, которые в норме колонизируют дыхательные пути, и иммунитет организма убивает их при нормальном иммунитете. Причиной тяжелых инфекций является снижение иммунной функции пациента, особенно у пациентов, которые прошли химиотерапию, использовали гормоны или иммуносупрессивные препараты, или у которых есть заболевания крови или аутоиммунные заболевания, и изначально нормальные бактерии становятся патогенными. Другая причина заключается в том, что сопротивляемость организма пациента нормальная, но патогенные бактерии слишком сильны, например, вирус атипичной пневмонии и вирус птичьего гриппа настолько патогенны, что нормальные люди не могут им противостоять, поэтому они могут вызывать тяжелые инфекции. Серьезные инфекции — это процесс, в котором иммунная функция и патогенные бактерии борются за то, какая сторона преобладает, и в дополнение к высокопатогенным инфекциям общей причиной является проблема с аутоиммунитетом.