Инфекцию вируса гепатита В можно разделить на фазу иммунной толерантности, фазу иммунного клиренса и фазу неактивной или низкой (не)репликации. Воспаление печени в первую очередь вызвано не прямым повреждением гепатоцитов вирусом, а тем, что вирус стимулирует иммунный ответ организма и нарушает регуляцию иммунной функции. Патогенез гепатита В сложен и до настоящего времени полностью не выяснен. В настоящее время считается, что гепатоцеллюлярное повреждение не является результатом репликации HBV в гепатоцитах, а опосредовано токсическим ответом Т-клеток. Инфекция HBV у человека вызывает клеточный и гуморальный иммунный ответ, стимулирует аутоиммунные реакции и дисфункцию иммунной регуляции. Эти иммунные реакции важны для клинической картины и регрессии гепатита В. При остром гепатите, когда иммунная функция в норме, цитотоксические Т-клетки (ТК-клетки) атакуют инфицированные гепатоциты, а HBV, высвобожденный в кровь разрушенными гепатоцитами, связывается специфическими антителами, и вырабатывается больше интерферона, что приводит к клиренсу HBV и окончательному выздоровлению. Хронический активный гепатит наблюдается у людей с ослабленной иммунной функцией и нарушениями иммунной регуляции. После заражения ВГВ некоторые гепатоциты повреждаются из-за аномальной функции Тс-клеток или специфических антител, которые блокируют некоторые антигены-мишени гепатоцитов и ограничивают токсический ответ Т-клеток. Выработка интерферона низкая, и HBV продолжает реплицироваться. Неадекватное образование специфических антител и повторное вторжение HBV в гепатоциты приводят к хронической инфекции. Кроме того, специфические для мембран гепатоцитов липопротеины (Lsp) образуют аутоантигены в результате инфекции HBV, стимулируя В-клетки к выработке анти-Lsp (типа IgG), а аутоиммунный эффект ADCC вызывает прогрессирующее повреждение гепатоцитов при сниженной активности супрессорных Т-клеток (Ts-клеток). Хронический затяжной гепатит и бессимптомные носители HBsAg, инфицированные HBV при иммунокомпрометированном состоянии организма, не способны вызвать эффективный иммунный ответ, в результате чего гепатоцеллюлярное повреждение минимально или отсутствует. Бессимптомные носители HBeAg, в частности, испытывают недостаток интерферона и не могут очистить организм от вируса, что приводит к длительному носительству HBV. Острый тяжелый гепатит возникает, когда иммунный ответ организма слишком силен и Т-клеточный токсический ответ быстро уничтожает большое количество инфицированных HBV гепатоцитов в течение короткого периода времени; или большое количество комплексов антиген-антитело образуется в течение короткого периода времени, активируя комплемент и вызывая местную реакцию гиперчувствительности (реакция Артюса), в результате чего образуются большие глыбы Всасывание эндотоксина, полученного энтеральным путем, может привести к реакции Шварцмана, вызывающей ишемический некроз гепатоцитов; плюс высвобождение цитокинов, таких как фактор некроза опухоли альфа (TNF-α), IL-1 и лейкотриены из мононуклеарных макрофагов, способствующих повреждению гепатоцитов. Патогенез подострого тяжелого гепатита схож с патогенезом острого тяжелого гепатита, но прогрессирует медленнее. Патогенез хронического тяжелого гепатита более сложен и требует дальнейшего изучения.