Прогноз пациентов с печеночной энцефалопатией зависит от степени гепатоцеллюлярной недостаточности. Прогноз лучше, если причина найдена и легко лечится; прогноз лучше, если печень функционирует хорошо, если был проведен шунт и если печеночная энцефалопатия вызвана высокобелковой диетой; прогноз хуже у пациентов с асцитом, желтухой и склонностью к кровотечениям, что указывает на плохую функцию печени; прогноз хуже при печеночной энцефалопатии, вызванной фульминантной (острой) печеночной недостаточностью.