Прогноз для пациентов с печеночной энцефалопатией зависит от степени гепатоцеллюлярной недостаточности. Прогноз лучше, если причина найдена и легко лечится; прогноз также лучше у пациентов с хорошей функцией печени, шунтами и высоким потреблением белка; пациенты с асцитом, желтухой и склонностью к кровотечениям предполагают плохую функцию печени, и их прогноз также плохой; прогноз хуже всего при печеночной энцефалопатии, вызванной фульминантной (острой) печеночной недостаточностью.