Разница между атопическим энтеритом и неатопическим энтеритом заключается в наличии явной причины. Как правило, атопический энтерит имеет четкую причину, например, бактериальный энтерит, псевдомембранозный энтерит, вирусный энтерит и радиационный энтерит — это все виды энтерита с четкой причиной. Неспецифический энтерит не имеет четкой причины и считается вызванным заболеваниями иммунной системы, такими как язвенный колит, болезнь Крона и др. Таким образом, наибольшая разница между этими двумя заболеваниями заключается в наличии или отсутствии явной причины. Лечение также относительно разное, при атопическом энтерите выбирают целевые препараты. В случае бактериального энтерита для лечения выбираются чувствительные антибиотики в соответствии с результатами лекарственной чувствительности, а при вирусном энтерите назначается противовирусное лечение. В случае псевдомембранозного энтерита для лечения выбираются противогрибковые препараты. При неспецифическом энтерите, как правило, обусловленном заболеванием иммунной системы, вызванным необъяснимым энтеритом, рекомендуется давать гормоны или иммунные препараты, но также можно выбрать для лечения р-аминосалициловую кислоту и другие препараты.