Неблагоприятное воздействие глицерина в основном связано с его обезвоживающим эффектом. Пероральный прием глицерина может вызвать головную боль, тошноту и рвоту; диарею. Частота возникновения побочных реакций, таких как жажда, головокружение и спутанность сознания, невелика. Также сообщалось о сердечных аритмиях. Глицерин повышает осмоляльность плазмы и приводит к внесосудистой интерстициальной дегидратации, в результате чего происходит расширение внеклеточной жидкости, особенно в случаях внезапного обезвоживания, что может привести к перегрузке кровообращения, отеку легких и сердечной недостаточности. Поэтому глицерин следует применять с осторожностью у пациентов с риском гиповолемии, сердечной недостаточностью или заболеваниями почек. Глицерин также следует с осторожностью использовать у обезвоженных пациентов, так как может возникнуть тяжелая дегидратация. После метаболизма глицерина у пациентов с диабетом также может развиться гипергликемия и гликозурия. Гипергликемическая гиперосмолярная некетотическая кома встречается редко, но сообщалось о смертельных случаях. Внутривенное введение глицерина может вызвать гемолиз, гемоглобинурию и острую почечную недостаточность. Местное или ректальное введение может вызвать некоторое раздражение. Перед нанесением глицерина на роговицу можно использовать местные анестетики для снижения вероятности возникновения болезненных реакций. Глицерин поддерживает влажность кожи, но чистый глицерин не следует наносить непосредственно на кожу для ее увлажнения, поскольку при нанесении непосредственно на кожу он будет впитывать влагу не только из воздуха, но и из тканей кожи, в результате чего кожа станет более сухой или даже обгорит.