Хирургия эпилепсии направлена на удаление внутримозговых поражений, вызывающих припадки, включая склероз гиппокампа, опухоли мозга, цереброваскулярные мальформации (гемангиомы), старые поражения после инсульта и пороки развития мозга. Наиболее часто выполняемой операцией является височная лобэктомия, которая предполагает удаление части аномальной ткани височной доли мозга и используется для лечения пациентов с «синдромом медиальной височной эпилепсии». Помимо операций при височной эпилепсии, следующим наиболее распространенным видом хирургического вмешательства является операция на лобных, теменных и затылочных долях. Для хирургии эпилепсии в этих областях возможно использование инвазивных методов ЭЭГ с внутричерепной имплантацией для точной локализации очага эпилепсии. После получения удовлетворительных данных внутричерепной ЭЭГ на основании результатов мониторинга проводится точная резекция эпилептического очага. В дополнение к этим «эксцизионным» процедурам, когда состояние тяжелое и вовлечено все полушарие головного мозга, для облегчения состояния может быть использована процедура двустороннего разъединения волокон между полушариями или стимуляция блуждающего нерва.