Уровень CA199 не высок при раке желудка и может быть нормальным, если рак не прогрессирует и не затрагивает желчевыводящие пути и поджелудочную железу, при этом уровень CA199 может быть слегка повышен. Основными маркерами опухолей пищеварительной системы являются карциноэмбриональный антиген CEA, альфа-фетопротеин AFP, гликоантиген CA199 и гликоантиген 72-4. Рак желудочно-кишечного тракта в основном связан с повышением CEA и CA72-4; злокачественные заболевания поджелудочной железы или желчевыводящих путей в основном связаны с повышением CA199; злокачественные опухоли печени в основном связаны с повышением AFP. Однако специфичность и чувствительность не особенно высоки. У некоторых пациентов опухолевые маркеры могут быть нормальными, а при доброкачественных заболеваниях сопутствующих органов могут быть повышены. В клинической практике часто используется комбинация нескольких опухолевых маркеров для повышения частоты положительных результатов. Также основное внимание следует уделять клиническим симптомам пациента и гастроскопии для подтверждения диагноза.