Лечение функциональной гипоталамической аменореи зависит от того, есть ли у пациентки потребность в фертильности. Если у пациентки есть потребность в фертильности, сначала путем приема гормонов рекомендуется нормальный менструальный цикл, а затем принимаются препараты, стимулирующие овуляцию, чтобы способствовать выходу яйцеклеток. Обычно используемые гормональные препараты включают: прогестерон, противозачаточные таблетки и т.д. К проовуляторным препаратам относятся: кломифен, уротропный гормон, бромокриптин и др. Если нет потребности в фертильности, рекомендуется просто принимать гормональные препараты, чтобы нормализовать менструальный цикл. Пациентки, страдающие функциональной гипоталамической аменореей, часто сопровождаются различной степенью психологических нарушений, а пациентки с тяжелыми психологическими нарушениями нуждаются в психотерапии. Функциональная гипоталамическая аменорея является одной из более серьезных форм аменореи, но прогноз часто благоприятный, если лечение проводится в соответствии с рекомендациями врача, и большинство пациентов могут успешно зачать ребенка после лечения.